計(jì)算得到的cADO含氧活性中間體結(jié)構(gòu)及其57Fe穆斯堡爾譜參數(shù)
在中科院化學(xué)所理論計(jì)算化學(xué)平臺(tái)項(xiàng)目和國(guó)家自然科學(xué)基金委的支持下,化學(xué)所光化學(xué)院重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的科研人員在理論計(jì)算預(yù)測(cè)雙鐵加氧酶含氧活性中間體結(jié)構(gòu)研究方面取得系列進(jìn)展。在前期工作中,針對(duì)藍(lán)藻醛去甲?;友趺?cADO),科研人員對(duì)其含氧活性中間體結(jié)構(gòu)、57Fe穆斯堡爾譜參數(shù)、底物氧化機(jī)理等,開(kāi)展了多尺度QM/MM(混合量子力學(xué)/分子力學(xué))理論計(jì)算模擬研究,證實(shí)了其中間體結(jié)構(gòu)是O2與醛底物形成的過(guò)氧半縮醛結(jié)構(gòu)(圖1),而不是以往通常認(rèn)為的過(guò)氧化物結(jié)構(gòu)。
研究還發(fā)現(xiàn),O2、醛底物、對(duì)稱(chēng)雙鐵中心三者間的相互作用,具有左右不對(duì)稱(chēng)性,在含氧活性中間體形成時(shí),作為雙鐵配體的一個(gè)組氨酸殘基會(huì)罕見(jiàn)地從雙鐵中心解離。該工作也顯示QM/MM水平的57Fe穆斯堡爾譜模擬,在雙鐵加氧酶含氧活性中間體預(yù)測(cè)方面具有應(yīng)用潛力。相關(guān)結(jié)果發(fā)表在J. Phys. Chem. Lett. 2016, 7, 4427-4432。
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最近,針對(duì)目前僅有的兩種雙鐵芳胺加氧酶AurF和CmlI,利用多尺度QM/MM模擬結(jié)合57Fe穆斯堡爾譜模擬,科研人員首次提出了這兩種酶含氧活性中間體P具有類(lèi)似的結(jié)構(gòu)。研究發(fā)現(xiàn):
(1)AurF和CmlI的含氧活性中間體P都具有μ-η0:η2型O2配位的雙三價(jià)鐵氫過(guò)氧化物((FeIII)2-hydroperoxo)結(jié)構(gòu);
(2)預(yù)測(cè)的雙三價(jià)鐵氫過(guò)氧化物結(jié)構(gòu)P可以有效介導(dǎo)芳胺基到亞硝基,再到硝基的芳胺氮氧化過(guò)程,其中涉及胺基孤對(duì)電子的電子耦合質(zhì)子轉(zhuǎn)移(PCET)過(guò)程對(duì)胺基N-H鍵斷裂起重要作用;
(3)理論計(jì)算預(yù)測(cè)的雙三價(jià)鐵氫過(guò)氧化物的μ-η0:η2型O2配位結(jié)構(gòu)可以解釋很多雙鐵芳胺加氧酶實(shí)驗(yàn)研究中的難題,如AurF和CmlI不同的57Fe穆斯堡爾譜參數(shù),含氧活性中間體P相對(duì)較低的O-O振動(dòng)頻率、含氧活性中間體P的親電/親核雙親反應(yīng)性、以及其C-H活化的反應(yīng)惰性。
科研人員預(yù)言的雙鐵芳胺加氧酶AurF和CmlI含氧活性中間體P的結(jié)構(gòu)類(lèi)似性,為統(tǒng)一它們的酶催化反應(yīng)機(jī)理提供了基礎(chǔ)。相關(guān)結(jié)果發(fā)表在J. Am. Chem. Soc. 2017, 139, 13038-13046。
理論計(jì)算預(yù)測(cè)得到的雙鐵芳胺加氧酶AurF和CmlI的含氧活性中間體結(jié)構(gòu)
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